特別研究１A （小池）

特別研究１A （小池）

990C890

03GRRES501

小池　博之

Hiroyuki Koike

2026年度前期

2026年度

①First semester

集中講義

Intensive Course

3.00単位

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① [対面]対面授業/ [On-site] On-site class

ヒトiPS細胞、初代細胞、オルガノイド培養系、および単一細胞解析・空間解析技術を用いて、器官形成、組織恒常性維持、加齢に伴う機能変容とその破綻機構を分子・細胞レベルで理解するための研究を行う。特に、細胞間相互作用と細胞運命制御の観点から、生命現象の解明に取り組む。

Experimental research is conducted to understand organogenesis, tissue homeostasis, and age-associated functional alterations and their underlying pathological mechanisms at the molecular and cellular levels using human iPS cells, primary cells, organoid culture systems, and single-cell and spatial analysis technologies. In particular, this course focuses on elucidating biological phenomena from the viewpoints of cell-cell interactions and cell fate regulation.

細胞生物学、発生生物学、分子生物学、およびデータ解析に関する知識と研究技術を習得し、それを基盤として、組織恒常性に関する未解明の課題に取り組む。研究計画の立案、実験・解析の遂行、結果の整理と解釈、研究室内ミーティングや学内発表会における発表を通じて、自立した研究者として必要な能力を身につける。なお、本科目は、本研究科のディプロマポリシーである「生命科学における高度な技術を習得し、これを駆使して生命科学諸分野の課題解決に貢献できる研究能力」を養うことを目的とする。

Students will acquire knowledge and research skills in cell biology, developmental biology, molecular biology, and data analysis. Based on these foundations, they will address unresolved questions related to tissue homeostasis. Through planning research, performing experiments and analyses, organizing and interpreting results, and presenting their work at laboratory meetings and internal symposia, students will develop the abilities required of independent researchers. This course is designed to foster the research capability described in the diploma policy of the graduate school.

器官形成、組織恒常性に関する未解明の問題を理解し、それに対する研究課題を設定できる。
研究目的に応じて適切な実験手法および解析手法を選択し、研究計画を立案・実行できる。
得られた結果を整理・解析し、先行研究と比較しながら論理的に解釈できる。
研究成果や課題を他者に分かりやすく説明し、討論および発表できる。

Students will understand unresolved questions in organogenesis and tissue homeostasis, and will be able to define research questions. They will be able to choose appropriate experimental and analytical methods, design and execute research plans, interpret results them logically in the context of previous studies, and clearly explain and present their findings and remaining issues to others.

毎日の研究活動に加えて、研究室ミーティング、論文抄読会、進捗報告会に参加すること。自分の研究テーマに関連する原著論文・総説を継続的に読み、研究目的、方法、結果、問題点について主体的に考えること。研究ノートや電子記録を適切に管理し、研究の再現性と透明性を意識して取り組むこと。

In addition to daily research activities, students are required to participate in laboratory meetings, journal clubs, and progress reports. Students should continuously read original papers and review articles related to their research topic and think proactively about research aims, methods, results, and problems. Proper management of research records is required with attention to reproducibility and transparency.

ディベート・ディスカッション　Debate/Discussion／プレゼンテーション　Presentation

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自分の研究課題に関連する原著論文、総説、技術資料を読み、実験や解析の目的と原理を理解したうえで研究に臨むこと。実験・解析後は結果を整理し、先行研究との比較、問題点の抽出、次の方針の検討を行うこと。

Students should read original papers, reviews, and technical resources related to their project and understand the purpose and principles of experiments and analyses before conducting research. After each experiment or analysis, students should organize the results, compare them with previous findings, identify problems, and consider the next step.

研究態度、研究計画の立案能力、研究の遂行状況、データ解析と考察、研究室内での報告・討論、ならびに発表内容を総合的に評価する。

Comprehensive evaluation will be based on research attitude, ability to plan research, progress of research activities, data analysis and interpretation, participation in discussions, and presentations.

・S：到達目標を十分に達成し、極めて優秀な成果を収めている
・A：到達目標を十分に達成している
・B：到達目標を達成している
・C：到達目標を最低限達成している
・D：到達目標を達成していない
・-：学修成果の評価を判断する要件を欠格している

・S：Achieved outcomes, excellent result
・A：Achieved outcomes, good result
・B：Achieved outcomes
・C：Minimally achieved outcomes
・D：Did not achieve outcomes
・-：Failed to meet even the minimal requirements for evaluation

N

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教科書および一部の参考書は、MyKiTS (教科書販売サイト) から検索・購入可能です。
​https://gomykits.kinokuniya.co.jp/tokyorika/​​​

It is possible to search for and purchase textbooks and certain reference materials at MyKiTS (online textbook store).
​​https://gomykits.kinokuniya.co.jp/tokyorika/

研究テーマに関連する英語論文、英語総説、日本語総説、必要に応じて発生生物学、幹細胞生物学、再生医学、バイオインフォマティクスに関する参考書を用いる。

Research articles, review articles, and reference books related to developmental biology, stem cell biology, regenerative medicine,  and bioinformatics will be used as appropriate.

【概要】
1）研究テーマに関連する先行研究を調査し、研究背景と課題を整理する。
2）研究遂行に必要な細胞培養、分子生物学、組織解析、イメージング、データ解析の技術を学ぶ。
3）研究開始後は定期的に進捗を確認し、問題点とその解決策を議論する。
4）研究成果は研究室ミーティング等で継続的に発表し、議論を通じて研究を発展させる。
5）これらを通じて、生命科学研究者として必要な基礎的技能と論理的思考力を身につける。

【Outline】
1. Students will investigate previous studies related to their research theme and organize the research background and key questions.
2. Students will learn techniques required for their research, including cell culture, molecular biology, tissue analysis, imaging, and data analysis.
3. After starting the research, students will regularly review their progress and discuss problems and possible solutions.
4. Students will present their research outcomes continuously at laboratory meetings and further develop their projects through discussion.
5. Through these activities, students will acquire the fundamental skills and logical thinking abilities required for life science research.


【授業計画】
第1回：研究分野の理解：オルガノイド、iPS細胞、細胞間相互作用の基礎概念を理解する。
第2回：生命科学基礎的研究手法の習得：無菌的細胞培養操作および細胞の基本的取扱いを習得する。
第3回：生命科学基礎的研究手法の習得：RNA・DNA・タンパク質解析の基本原理と実験手法を理解する。
第4回：生命科学基礎的研究手法の習得：免疫染色、顕微鏡観察、画像取得と基本的な画像解析を学ぶ。
第5回：生命科学基礎的研究手法の習得：細胞培養の基本操作を習得する。
第6回：生命科学基礎的研究手法の習得：遺伝子発現解析および細胞状態評価の基本手法を学ぶ。
第7回：生命科学基礎的研究手法の習得：遺伝子発現解析の概念と基礎的データ処理を理解する。
第8回：研究テーマの立案：研究室で進行中の研究を把握し、関連論文を踏まえて研究テーマを設定する。
第9回：研究計画：研究目的と仮説を明確化し、研究計画を立案する。
第10回：研究計画：具体的な実験計画、解析計画、必要試薬・技術の準備を行う。
第11回：研究計画の実行：研究材料を準備し、実験あるいは解析を開始する。
第12回：研究計画の実行：計画に沿って研究を進める。
第13回：研究計画の実行：中間結果を整理して報告し、研究室メンバーと議論して必要に応じて計画を修正する。
第14回：研究計画の実行：修正した方針に基づき、研究をさらに進める。
第15回：研究のまとめ：研究成果を整理し、研究報告会で発表する。

【Class plan】
1. Understanding the research field: Students will learn the basic concepts of organoids, iPS cells, and cell-cell interactions.
2. Learning basic techniques in life science research: Students will acquire sterile cell culture techniques and basic methods for handling cells.
3. Learning basic techniques in life science research: Students will understand the basic principles and experimental methods for RNA, DNA, and protein analyses.
4. Learning basic techniques in life science research: Students will learn immunostaining, microscopy, image acquisition, and basic image analysis.
5. Learning basic techniques in life science research: Students will acquire basic techniques for cell culture.
6. Learning basic techniques in life science research: Students will learn basic methods for gene expression analysis and cell-state evaluation.
7. Learning basic techniques in life science research: Students will understand the concepts of gene expression analysis and basic data processing.
8. Planning a research theme: Students will understand ongoing projects in the laboratory and define a research theme based on related literature.
9. Research planning: Students will clarify the research objective and hypothesis and formulate a research plan.
10. Research planning: Students will prepare a detailed experimental and analytical plan and make arrangements for necessary reagents and techniques.
11. Conducting the research plan: Students will prepare research materials and begin experiments or analyses.
12. Conducting the research plan: Students will carry out the research according to the plan.
13. Conducting the research plan: Students will organize and report interim results, discuss them with laboratory members, and revise the plan as necessary.
14. Conducting the research plan: Students will further advance the research based on the revised strategy.
15. Summary of research: Students will organize their findings and present them at a research meeting.


【研究分野】
ヒトiPS細胞や初代細胞を用いたオルガノイド研究を基盤として、器官形成、組織恒常性維持、加齢に伴う細胞間ネットワークの変容、およびその破綻による病態形成機構の解明に取り組む。単一細胞解析や空間解析を用いながら、細胞運命制御と細胞間相互作用の原理を明らかにする。

【Research area】
Our research is based on organoid studies using human iPS cells and primary cells, and aims to elucidate the mechanisms of organogenesis, maintenance of tissue homeostasis, age-associated alterations in cellular networks, and disease development caused by their disruption. Using single-cell and spatial analysis approaches, we investigate the principles of cell fate regulation and cell-cell interactions.

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特になし
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