シラバス情報
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教員名 ： 宮崎 智
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科目授業名称（和文） Name of the subject/class (in Japanese)
バイオインフォマティクス
科目授業名称（英文） Name of the subject/class (in English)
Bioinformatics
授業コード Class code
993K174
科目番号 Course number
3aMPINP344
教員名
宮崎 智
Instructor
Satoru MIYAZAKI
開講年度学期
2026年度前期
Year
2026年度
Semester
①First semester
曜日時限
水曜4限
Class hours
4th class on Wedensday
開講学科・専攻 Department
薬学部
Faculty of Pharmaceutical Sciences 単位数 Course credit
2.00単位
授業の方法 Teaching method
講義
Lecture 履修形態 Course form
薬学科：選択 生命創薬科学科：選択
外国語のみの科目（使用言語） Course in only foreign languages (languages)
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授業の主な実施形態 Main class format
① [対面]対面授業/ [On-site] On-site class
概要 Description
バイオインフォマティクスの汎用的なアルゴリズムとツールを習得する。インターネットを通した実習をとり入れ様々なアルゴリズムが実感できるように配慮した講義を行う。
目的 Objectives
バイオインフォマティクスで可能な解析手法の概要が説明できるようになることを目的とする。
到達目標 Outcomes
バイオインフォマティクスにに必要な、データベースおよび解析ソフトウェアが説明できるようになること、および、計算機を用いたゲノム配列の解析、タンパク質の１次から高次構造の解析の基礎的知識を習得することを目標にする。
卒業認定・学位授与の方針との関係（学部科目のみ）
リンク先の [評価項目と科目の対応一覧]から確認できます（学部対象）。
履修登録の際に参照ください。 You can check this from “Correspondence table between grading items and subjects” by following the link(for departments). https://www.tus.ac.jp/fd/ict_tusrubric/ 関連する卒業認定・学位授与の⽅針（薬学部のみ）
薬学科：DP3、DP5 生命創薬科学科：DP3、DP4
履修上の注意 Course notes prerequisites
Windows11（64bit版）以降をインストールしているノートパソコン、ネットワークケーブルを携帯すること。利用するソフトウェアはMacOSでは動作しません。MacOSを利用したい場合は、本学が提供している仮想ディスクトップ環境を使えるようにすること。
アクティブ・ラーニング科目 Teaching type（Active Learning）
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準備学習・復習 Preparation and review
学修簿の学修時間を満たすように、学生各人で各会の授業前に準備学習ならびに授業後に復習を行うこと。
成績評価方法 Performance grading policy
到達度試験：90% 演習レポート：10%
学修成果の評価 Evaluation of academic achievement
・S：到達目標を十分に達成し、極めて優秀な成果を収めている
・A：到達目標を十分に達成している ・B：到達目標を達成している ・C：到達目標を最低限達成している ・D：到達目標を達成していない ・-：学修成果の評価を判断する要件を欠格している ・S：Achieved outcomes, excellent result ・A：Achieved outcomes, good result ・B：Achieved outcomes ・C：Minimally achieved outcomes ・D：Did not achieve outcomes ・-：Failed to meet even the minimal requirements for evaluation 教科書 Textbooks/Readings
教科書の使用有無（有=Y , 無=N） Textbook used(Y for yes, N for no)
N
書誌情報 Bibliographic information
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MyKiTSのURL（教科書販売サイト） URL for MyKiTS(textbook sales site)
教科書および一部の参考書は、MyKiTS (教科書販売サイト) から検索・購入可能です。
https://gomykits.kinokuniya.co.jp/tokyorika/ It is possible to search for and purchase textbooks and certain reference materials at MyKiTS (online textbook store). https://gomykits.kinokuniya.co.jp/tokyorika/ 参考書・その他資料 Reference and other materials
特になし
授業計画 Class plan
第1回 概要［講義、演習（その他）］
担当教員：宮崎 智 授業内容：この授業全体での目標を明確にする。ゲノム配列データの質について理解できる。(ゲノム) 第2回 キーワード検索と国際塩基配列データベース ［講義、演習（その他）］ 担当教員：宮崎 智 授業内容：国際塩基配列等、生命科学用データベースの書式がわかる。(INDSC、ARSA) 第3回 相同性検索1［講義、演習（その他）］ 担当教員：宮崎 智 授業内容：相同性検索の仕組みを理解し使えるようになる。(BLAST、 BLOSUM行列、E-value) 第4回 相同性検索2 ［講義、演習（その他）］ 担当教員：宮崎 智 授業内容：配列アライメントのアルゴリズムの基本的な仕組みが理解でき、遺伝子探索を行える。(ダイナミックプログラミング、SWアルゴリズム) 第5回 マルチプルアライメントの基礎［講義、演習（その他）］ 担当教員：宮崎 智 授業内容：いくつかのタンパク質配列を同時に比較できるようになる。(グローバルペアワイズアライメント、多重整列化) 第6回 タンパク質配列の比較［演習（その他）、講義］ 担当教員：宮崎 智 授業内容：Clustalxを使い、タンパク質配列から機能部位を予測できるようになる。(活性化サイト予測) 第7回 分子進化系統解析の基礎［講義、演習（その他）］ 担当教員：宮崎 智 授業内容：遺伝子配列データから分子進化系統樹を作成できるようになる。(進化系統解析、近隣結合法) 第8回 アミノ酸配列モチーフ［講義、演習（その他）］ 担当教員：宮崎 智 授業内容：配列モチーフデータベースを使いこなせるようになる。(配列モチーフ、PROSITE、Interpro) 第9回 タンパク質の立体構造［講義、演習（その他）］ 担当教員：宮崎 智 授業内容：PDBデータベースとSCOPデータベースのデータ形式を理解する。(タンパク質結晶構造解析、タンパク質立体構造分類) 第10回 アミノ酸配列の２次構造予測 ［講義、演習（その他）］ 担当教員：宮崎 智 授業内容：立体構造未知のアミノ酸配列機から２次構造予測を行う手法を理解する。（GOR法、PSIPRED法) 第11回 アミノ酸配列からの立体構造予測１［講義、演習（その他）］ 担当教員：宮崎 智 授業内容：立体構造予測法の原理について説明できるようになる。(MD法) 第12回 アミノ酸配列からの立体構造予測２［演習（その他）］ 担当教員：宮崎 智 授業内容：ホモロジーモデリングの準備 第13回 アミノ酸配列からの立体構造予測３［演習（その他）］ 担当教員：宮崎 智 授業内容：ホモロジーモデリングの実行と結果の評価 第14回 分子動力学計算によるタンパク質の揺らぎ解析［講義、演習（その他）］ 担当教員：宮崎 智 授業内容：分子動力学計算の実行と結界解析について学ぶ 第15回 学習到達度テスト ［試験、講義］ 担当教員：宮崎 智 授業内容：1回から14回までの目標の到達度をみる。(試験) SBOsコード（薬学部薬学科のみ 2023年度以前カリキュラム適用者対象）
※⾚⽂字は⼤学独⾃SBOsコードを⽰す。
第1回 OEx3312AC6 第2回 OEx3312AC6 第3回 OEx3312AC6 第4回 OEx3312AC6 第5回 OEx3312AC6 第6回 OEx3312AC6 第7回 OEx3312AC6 第8回 OEx3312AC6 第9回 OEx3312AC6 第10回 OEx3312AC6 第11回 OEx3312AC6 第12回 OEx3312AC6 第13回 OEx3312AC6 第14回 OEx3312AC6 第15回 学修事項（薬学部薬学科のみ 2024年度以降カリキュラム適用者対象）
担当教員の実務経験とそれを活かした教育内容 Work experience of the instructor
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教育用ソフトウェア Educational software
Discovery Studio, Materials Studio
-DIscovery Studio, clustalX, treeview, RasMOLを使用する
備考 Remarks
薬学教育モデル・コアカリキュラム（平成25年度改訂版）に対応する項目（SBOs）及び薬学教育モデル・コア・カリキュラム（令和4年度改訂版）に対応する項目（学修事項）を授業計画欄下部に示す。
なお、各項目に紐づく内容については、以下URL先に示す。 URL：https://tus.box.com/s/ilc2p0ygiyz4ncj23ckp310rmaa0efdk 授業でのBYOD PCの利用有無 Whether or not students may use BYOD PCs in class
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授業での仮想PCの利用有無 Whether or not students may use a virtual PC in class
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