バイオインフォマティクス （旧：生命情報科学）

Bioinformatics

9983375

83BIBIO204

西野　達哉

Tatsuya Nishino

2025年度後期

2025年度

②Second semester

水曜4限

Wednesday, 4th hour

先進工学部　生命システム工学科

Department of Biological Science and Technology, Faculty of Advanced Engineering

1.0単位

講義

Lecture

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① [対面]対面授業/ [On-site] On-site class

生命情報科学(バイオインフォマティクス)は遺伝情報やタンパク質立体構造情報のみならずあらゆる生物学実験によって得られた莫大なデータから有用な情報引き出し体系化するための学問である。
本講義では現在利用されている生物情報科学についてその基礎を学び、専門選択科目履修時や実習、卒業研究に役立てる。
なお本講義は本学科のディプロマ・ポリシーである｢自然・人間・社会とこれらの調和的発展のための科学と技術の創造｣に該当する科目である。
Bioinformatics is a discipline to make useful information from huge data obtained by all kinds of biological experiments such as genetic information and protein tertiary structure information. In this lecture, we will learn the basics of bioinformatics currently being used, and use it for practicing specialized subjects, practical training, and graduation research. This lecture is a subject that falls under the diploma policy of this department "Creation of science and technology for nature, human beings and society and these harmonious development".

生物学研究において集積された生命情報を理解し、利用できるようにする。
To understand and make use of integrated life information in biological research.

DNAやアミノ酸配列、立体構造情報を理解し、そのような生命情報が研究にどのように利用されているかを理解する。

Understand DNA, amino acid sequence, and three-dimensional structure information and understand how such life information is used in research.

リンク先の [評価項目と科目の対応一覧]から確認できます（学部対象）。
履修登録の際に参照ください。
​You can check this from “Correspondence table between grading items and subjects” by following the link(for departments).
https://www.tus.ac.jp/fd/ict_tusrubric/​​​

小テストの実施　Quiz type test／グループワーク　Group work

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各回の講義前にその内容について2時間程度、指定した教科書の部分を読んでおくこと。
各回の講義後にその内容について2時間程度、復習すること。
Before each lecture, read about the content of the specified textbook about 2 hours about its contents.
About 2 hours about the contents after each lecture, review it thoroughly.

授業中の態度、宿題、小ﾃｽﾄが40%､定期試験60％が割合で総合的に評価する｡　

Class attitute, homework, quiz 40%, regular test 60%.

・S：到達目標を十分に達成し、極めて優秀な成果を収めている
・A：到達目標を十分に達成している
・B：到達目標を達成している
・C：到達目標を最低限達成している
・D：到達目標を達成していない
・-：学修成果の評価を判断する要件を欠格している

・S：Achieved outcomes, excellent result
・A：Achieved outcomes, good result
・B：Achieved outcomes
・C：Minimally achieved outcomes
・D：Did not achieve outcomes
・-：Failed to meet even the minimal requirements for evaluation

N

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教科書および一部の参考書は、MyKiTS (教科書販売サイト) から検索・購入可能です。
​https://gomykits.kinokuniya.co.jp/tokyorika/​​​

It is possible to search for and purchase textbooks and certain reference materials at MyKiTS (online textbook store).
​​https://gomykits.kinokuniya.co.jp/tokyorika/

よく分かるバイオインフォマティクス 藤　博幸　講談社サイエンティフィク　
First bioinformatics Hiroyuki Fuji Kodansha Scientific
バイオインフォマティクス入門　第2版　慶應義塾大学出版会ISBN978-4-7664-2251-1
Introduction to Bioinformatics 2nd edition Keio University Press Publications ISBN 978-4-7664-2791-2

本講義では授業中にペアワークを行うため、すべての履修学生に対して、原則としてすべての授業回を対面で受講することを求める
1. バイオインフォマティクスへの招待（第1章）
2. 配列解析ーペアワイズアラインメント（第1章)
3. 配列解析ーマルチプルアラインメント（第1章）
4. 構造バイオインフォマティクス （第3章）
5. ゲノム配列情報解析（第6章）
6. トランスクリプトームとプロテオーム解析（第7,10章）
7. エピゲノム、メタゲノム解析とパスウェイ解析（第8,9章）
8. 期末試験と試験の解説
Class plan
1. Invitation to Bioinformatics (Chapter 1)
2. Pairwise Sequence alignment (Chapter 1)
3. Multiple Sequence alignment (Chapter 1)
4. Structural bioinformatics (Section 3)
5. Genomic sequence information analysis (Chapter 6)
6. Transcriptome and proteome (Section 7, 10)
7. Epigenome, Metagenome and Pathway analysis (Chapter 8,9)
8. Explanation of final exams and exams

国内研究機関の研究員（遺伝学系）の勤務実績を活かし生命情報科学について講義する。

Discovery Studio, Materials Studio

Discovery Studio/PyMOL/PHENIX/COOT　

所定 の期間在学し、「自然・人間・社会とこれらの調和的発展のための科学と技術の創造」という教育理念と、
「豊かな人間性・創造力と国際性を兼ね備え、多面的かつ新しい視点を持って科学技術の発展に貢献できる人材の育成」という教育目標に沿って編成された授業科目を履修して、所定の単位を修得した学生に対して修了を認定し、学士の学位を授与する。
Bachelor's degree will be given to the students who take the required credit and has been enrolled for a certain period of time, and has the educational philosophy of "Creating science and technology for nature, humans, and society, and their harmonious development"
By taking course subjects organized according to the educational goal of " Developing human resources who have rich humanity, creativity and internationality, and who can contribute to the development of science and technology from a multifaceted and new perspective ''

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