シラバス情報

教員名 ： 前澤　創
科目授業名称（和文）　Name of the subject/class (in Japanese)
システム生物学
科目授業名称（英文）　Name of the subject/class (in English)
Systems Biology
授業コード　Class code
9964592
科目番号　Course number
64BIZZZ301

教員名
前澤　創
Instructor
So Maezawa

開講年度学期
2024年度後期
Year/Semester
2024/2nd. Semester
曜日時限
火曜1限
Class hours
Tuesday 1st. Period　

開講学科・専攻　Department
創域理工学部　生命生物科学科

Department of Applied Biological Science, Faculty of Science and Technology
単位数　Course credit
2.0単位
授業の方法　Teaching method
講義

Lecture
外国語のみの科目（使用言語）　Course in only foreign languages (languages)
-
授業の主な実施形態　Main class format
① [対面]対面授業/ [On-site] On-site class

概要　Description
近年の技術革新により定量的にかつ大量に生命現象に関する情報が取得できるようになった。そのような背景から生まれた新しい学問がシステム生物学である。システム生物学では生命をシステムとしてとらえ包括的に解析および理解する。特に分子レベルの大量の情報を統計的・数理的に処理し考察していくことがシステム生物学の特徴といえる。
目的　Objectives
これまで学んできた基礎的な分子生物学の知識をさらに発展させ、大量に存在・機能する遺伝子がどのように関わりどのように生命現象に寄与しているのか、さらにエピゲノムやクロマチン構造によってどのように制御されているのか、理論から具体的な解析方法なども含めて理解することを目的とする。
到達目標　Outcomes
生命現象を定量的数理的に捉える手法や技術を学び、生物をシステムとして捉える思考を身につけることを目標とする。
特に、次世代シーケンサーを用いた遺伝子発現解析、エピゲノム解析、およびクロマチン構造解析の原理や手法を学び、それらの統合解析をとおして生命現象を理解する技術を身につける。

卒業認定・学位授与の方針との関係（学部科目のみ）
リンク先の [評価項目と科目の対応一覧]から確認できます（学部対象）。
履修登録の際に参照ください。
​You can check this from “Correspondence table between grading items and subjects” by following the link(for departments).
https://www.tus.ac.jp/fd/ict_tusrubric/​​​
履修上の注意　Course notes prerequisites
基礎的な分子生物学、細胞生物学、発生生物学、分子遺伝学、バイオインフォマティクス、統計学についての知識を身につけていること。
特に、遺伝子発現制御機構やクロマチン構造についての知識を整理しておくこと。
SeqMonk（Babraham Institute）を用いた解析演習を行うので、自身のコンピュータへ導入すること。
その際、最新のJAVAおよびRをあらかじめ導入すること。
アクティブ・ラーニング科目　Teaching type（Active Learning）
課題に対する作文　Essay／ディベート・ディスカッション　Debate/Discussion／グループワーク　Group work／プレゼンテーション　Presentation／PBL (課題解決型学習)　Problem-based learning／実習　Practical learning
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準備学習・復習　Preparation and review
参考書を用いた学習だけでなく、web上の資料を用いた学習、演習内容の予習復習、プレゼンテーションの準備を行うこと。
成績評価方法　Performance grading policy
レポート課題、特別セミナーの感想、プレゼンテーション、到達度評価、授業への積極性をもとに総合的に評価する。
学修成果の評価　Evaluation of academic achievement
・S：到達目標を十分に達成し、極めて優秀な成果を収めている
・A：到達目標を十分に達成している
・B：到達目標を達成している
・C：到達目標を最低限達成している
・D：到達目標を達成していない
・-：学修成果の評価を判断する要件を欠格している

・S：Achieved outcomes, excellent result
・A：Achieved outcomes, good result
・B：Achieved outcomes
・C：Minimally achieved outcomes
・D：Did not achieve outcomes
・-：Failed to meet even the minimal requirements for evaluation

教科書　Textbooks/Readings
教科書の使用有無（有=Y , 無=N）　Textbook used(Y for yes, N for no)
N
書誌情報　Bibliographic information
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MyKiTSのURL（教科書販売サイト）　URL for MyKiTS(textbook sales site)
教科書および一部の参考書は、MyKiTS (教科書販売サイト) から検索・購入可能です。
​https://mirai.kinokuniya.co.jp/tokyorika/​​​

It is possible to search for and purchase textbooks and certain reference materials at MyKiTS (online textbook store).
​​https://mirai.kinokuniya.co.jp/tokyorika/

参考書・その他資料　Reference and other materials

東大式　生命データサイエンス即戦力講座（羊土社）

次世代シークエンサーDRY解析教本（秀潤社）
RNA-Seq実験ハンドブック（羊土社）
システム生物学入門（共立出版）、その他適時紹介する。

授業計画　Class plan
様々な視野からシステム生物学を学ぶことを目的として、本年度は外部講師による特別セミナーを4回実施する（実施回は前後する可能性有り）。
第１回　システム生物学とは？次世代シーケンサーとは？
第２回　遺伝子発現解析（1）
第３回　遺伝子発現解析（2）
第４回　遺伝子発現解析（3）
第５回　特別セミナー１（遺伝子発現解析を含む研究紹介）
第６回　エピゲノム解析（1）
第７回　エピゲノム解析（2）
第８回　特別セミナー２（エピゲノム解析を含む研究紹介）
第９回　クロマチン構造解析（1）
第１０回　クロマチン構造解析（2）
第１１回　特別セミナー３（クロマチン構造解析を含む研究紹介）
第１２回　トランスオミクス解析（1）
第１３回　トランスオミクス解析（2）
第１４回　特別セミナー４（トランスオミクス解析を含む研究紹介）
第１５回　プレゼンテーションおよびディスカッション（到達度評価および総合討論を含む）

授業担当者の実務経験　Work experience of the instructor of the class
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教育用ソフトウェア　Educational software
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備考　Remarks
611PC室（実習）および講義棟の教室（セミナーおよびプレゼン）を使用するため、事前アナウンス（LETUSに掲示）に注意すること。
PCを持参すること。電源コードやマウスも忘れずに。

授業でのBYOD PCの利用有無　Whether or not students may use BYOD PCs in class
Y
授業での仮想PCの利用有無　Whether or not students may use a virtual PC in class
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