バイオインフォマティクス１

科目授業名称（和文）　Name of the subject/class (in Japanese)

バイオインフォマティクス１

科目授業名称（英文）　Name of the subject/class (in English)

Bioinformatics 1

授業コード　Class code

9964194

科目番号　Course number

64BIZZZ201

教員名

前澤　創

Instructor

So Maezawa

開講年度学期

2024年度前期

Year/Semester

2024/1st. Semester

曜日時限

火曜2限

Class hours

Tuesday 2nd. Period　

開講学科・専攻　Department

創域理工学部　生命生物科学科

Department of Applied Biological Science, Faculty of Science and Technology

単位数　Course credit

2.0単位

授業の方法　Teaching method

講義

Lecture

外国語のみの科目（使用言語）　Course in only foreign languages (languages)

-

授業の主な実施形態　Main class format

① [対面]対面授業/ [On-site] On-site class

概要　Description

近年の生物学では塩基配列技術の革新的発展により大量の情報を取得することが可能となった。そのため情報科学・統計学・コンピューターサイエンスなどの他分野によるアプローチが必須である。情報科学者によるデータ解析だけでなく、生物学者自身でその解析原理・結果を理解していなければ適切な議論は難しい。そこでバイオインフォマティクス1では基礎的な生物学の知識を習得していることを前提とし、生物学者に必要とされる基本的な情報科学理論を身に付ける。

目的　Objectives

バイオインフォマティクスやその関連技術・理論について基礎的な領域を学び理解する

到達目標　Outcomes

生物学者に必要とされる基礎的な情報科学や統計学を身に付ける。また、Google Colaboratoryを用いたPythonを演習による情報機器操作方法を学ぶ。

卒業認定・学位授与の方針との関係（学部科目のみ）

リンク先の [評価項目と科目の対応一覧]から確認できます（学部対象）。
履修登録の際に参照ください。
You can check this from “Correspondence table between grading items and subjects” by following the link(for departments).
https://www.tus.ac.jp/fd/ict_tusrubric/

履修上の注意　Course notes prerequisites

Python演習は自身のPCを用いて実施する。充電用ケーブルも持参すること。

アクティブ・ラーニング科目　Teaching type（Active Learning）

小テストの実施　Quiz type test／ディベート・ディスカッション　Debate/Discussion／グループワーク　Group work／プレゼンテーション　Presentation／PBL (課題解決型学習)　Problem-based learning／実習　Practical learning

-

準備学習・復習　Preparation and review

基礎生物学1, 2の内容を把握した上で臨むこと。

成績評価方法　Performance grading policy

課題レポート、中間試験、到達度評価および授業への積極性によって評価する。

学修成果の評価　Evaluation of academic achievement

・S：到達目標を十分に達成し、極めて優秀な成果を収めている
・A：到達目標を十分に達成している
・B：到達目標を達成している
・C：到達目標を最低限達成している
・D：到達目標を達成していない
・-：学修成果の評価を判断する要件を欠格している

・S：Achieved outcomes, excellent result
・A：Achieved outcomes, good result
・B：Achieved outcomes
・C：Minimally achieved outcomes
・D：Did not achieve outcomes
・-：Failed to meet even the minimal requirements for evaluation

教科書　Textbooks/Readings

教科書の使用有無（有=Y , 無=N）　Textbook used(Y for yes, N for no)

N

書誌情報　Bibliographic information

-

MyKiTSのURL（教科書販売サイト）　URL for MyKiTS(textbook sales site)

教科書および一部の参考書は、MyKiTS (教科書販売サイト) から検索・購入可能です。
https://mirai.kinokuniya.co.jp/tokyorika/

It is possible to search for and purchase textbooks and certain reference materials at MyKiTS (online textbook store).
https://mirai.kinokuniya.co.jp/tokyorika/

参考書・その他資料　Reference and other materials

バイオインフォマティクス事典（共立出版）、その他適時紹介する

授業計画　Class plan

第１回　イントロダクション：バイオインフォマティクスとは？
第２回　計算科学：データ構造と簡単なアルゴリズム
第３回　計算科学：ソートアルゴリズム（１）
第４回　計算科学：ソートアルゴリズム（２）
第５回　計算科学：階層型クラスタリング
第６回　計算科学：クラスタリング
第７回　計算科学：正規分布および確率・ベイズ推定
第８回　配列解析：動的計画法・類似性スコア
第９回　遺伝子進化解析：系統樹作成アルゴリズム
第１０回　中間テスト
第１１回　Python演習（１）（ターミナル室）
第１２回　Python演習（２）（ターミナル室）
第１３回　Python演習（３）（ターミナル室）
第１４回　Python演習（４）（ターミナル室）
第１５回　到達度評価および総合討論

授業担当者の実務経験　Work experience of the instructor of the class

-

教育用ソフトウェア　Educational software

-

備考　Remarks

講義回は講義室で実施する。演習回は611PC室（6号館1階）を使うため、事前アナウンス（LETUSに掲示）に注意すること。

授業でのBYOD PCの利用有無　Whether or not students may use BYOD PCs in class

Y

授業での仮想PCの利用有無　Whether or not students may use a virtual PC in class

N

シラバス情報