シラバス情報
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教員名 ： 後藤 了
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科目授業名称（和文） Name of the subject/class (in Japanese)
ケモインフォマティクス
科目授業名称（英文） Name of the subject/class (in English)
Chemoinformatics
授業コード Class code
993K164
科目番号 Course number
3bBPPAC344
教員名
槌田 智裕、後藤 了
Instructor
Goto, Satoru, Tsuchida, Tomohiro,
開講年度学期
2024年度後期
Year/Semester
2024/2nd semester
曜日時限
火曜4限
Class hours
14:40-16:10 on Monday
開講学科・専攻 Department
薬学部
Faculty of Pharmaceutical Sciences 単位数 Course credit
2.0単位
授業の方法 Teaching method
講義
Lecture 外国語のみの科目（使用言語） Course in only foreign languages (languages)
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授業の主な実施形態 Main class format
① [対面]対面授業/ [On-site] On-site class
概要 Description
毎回配付されたテーマについて、理論科学計算を行い、計算結果に基づいて受講生どうしで議論を行い、レポートをまとめて提出します。
目的 Objectives
医薬品の分子構造、物理化学的特性、統計力学的特性を計算するための原理を理解すること。
理論化学を用いたアプローチの計画、実行、解析に必要となる知識・技能を修得すること。 理論化学のデータに基づき、合理的・実証的な議論、レポート作成を行うことができること。 到達目標 Outcomes
量子化学計算（Schroedinger方程式計算、Kohn-Sham方程式計算）を実行し、医薬品や生体由来物質の電子構造を解析できる。
分子力学計算（分子振動解析に基づく計算）を実行し、分子の立体構造を解析できる。 分子構造エネルギーからBoltzmann分布計算を行うことで統計力学的な解釈ができる。 卒業認定・学位授与の方針との関係（学部科目のみ）
リンク先の [評価項目と科目の対応一覧]から確認できます（学部対象）。
履修登録の際に参照ください。 You can check this from “Correspondence table between grading items and subjects” by following the link(for departments). https://www.tus.ac.jp/fd/ict_tusrubric/ 履修上の注意 Course notes prerequisites
Microsoft Windows専用アプリケーションを前提とした計算演習です．
Apple Macintoshシステムでは正常動作しないことがあります． それ以外でも持参のPCで実行できない場合があります． 実行できない場合、６号館や２号館にある端末室にて個別に計算を行ってください． なお、アプリケーションは薬品物理化学実習の分配係数の計算と共通です． アクティブ・ラーニング科目 Teaching type（Active Learning）
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準備学習・復習 Preparation and review
LETUSに掲載されているプリントを各自印刷して持参して下さい．
演習終了後、プリントに計算結果を記入して期日までに提出して下さい． アプリケーションはBIOVIA社（旧Accelrys社）Materials Studioです． 成績評価方法 Performance grading policy
プリントの提出状況，丁寧な記載・表現を評価し，総合的に成績を決定します．試験，再試験などはありません．
学修成果の評価 Evaluation of academic achievement
・S：到達目標を十分に達成し、極めて優秀な成果を収めている
・A：到達目標を十分に達成している ・B：到達目標を達成している ・C：到達目標を最低限達成している ・D：到達目標を達成していない ・-：学修成果の評価を判断する要件を欠格している ・S：Achieved outcomes, excellent result ・A：Achieved outcomes, good result ・B：Achieved outcomes ・C：Minimally achieved outcomes ・D：Did not achieve outcomes ・-：Failed to meet even the minimal requirements for evaluation 教科書 Textbooks/Readings
教科書の使用有無（有=Y , 無=N） Textbook used(Y for yes, N for no)
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書誌情報 Bibliographic information
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MyKiTSのURL（教科書販売サイト） URL for MyKiTS(textbook sales site)
教科書および一部の参考書は、MyKiTS (教科書販売サイト) から検索・購入可能です。
https://mirai.kinokuniya.co.jp/tokyorika/ It is possible to search for and purchase textbooks and certain reference materials at MyKiTS (online textbook store). https://mirai.kinokuniya.co.jp/tokyorika/ 参考書・その他資料 Reference and other materials
「創薬・創剤のための分子科学」後藤・島田・長田著 廣川書店2014
「エピソード物理化学」 後藤・小暮編、京都廣川書店2011 授業計画 Class plan
以下予定である．LETUSにて最新版を掲載する
第1回 ケモインフォマティクス概説［講義］ 担当教員：後藤 了, 槌田 智裕 授業内容：ケモインフォマティクス概要 第2回 統計力学とボルツマン分布［講義］ 担当教員：後藤 了, 槌田 智裕 授業内容：統計力学とボルツマン分布 第3回 ソフトウェアインストール［演習（その他）］ 担当教員：後藤 了, 槌田 智裕 授業内容：ソフトウェアインストール 第4回 分子構造の構築と構造最適化［演習（その他）］ 担当教員：後藤 了, 槌田 智裕 授業内容：分子構造の構築と構造最適化 第5回 半経験的分子軌道法計算［演習（その他）］ 担当教員：後藤 了, 槌田 智裕 授業内容：半経験的分子軌道法計算 第6回 分子力学法によるアミノ酸構造最適化［演習（その他）］ 担当教員：後藤 了, 槌田 智裕 授業内容：分子力学法によるアミノ酸構造最適化 第7回 Boltzmann分布の計算［演習（その他）］ 担当教員：後藤 了, 槌田 智裕 授業内容：Boltzmann分布の計算 第8回 コンフォメーション探索計算［演習（その他）］ 担当教員：後藤 了, 槌田 智裕 授業内容：コンフォメーション探索計算 第9回 Ramachandran Mapの作成［演習（その他）］ 担当教員：後藤 了, 槌田 智裕 授業内容：Ramachandran Mapの作成 第10回 絶対配置の計算(1)［演習（その他）］ 担当教員：後藤 了, 槌田 智裕 授業内容：絶対配置の計算(1) 第11回 絶対配置の計算(2)［演習（その他）］ 担当教員：後藤 了, 槌田 智裕 授業内容：絶対配置の計算(2) 第12回 遷移状態の計算(1)［演習（その他）］ 担当教員：後藤 了, 槌田 智裕 授業内容：遷移状態の計算(1) 第13回 遷移状態の計算(2)［演習（その他）］ 担当教員：後藤 了, 槌田 智裕 授業内容：遷移状態の計算(2) 第14回 遷移状態の計算(3)［演習（その他）］ 担当教員：後藤 了, 槌田 智裕 授業内容：遷移状態の計算(3) 第15回 まとめ［演習（その他）］ 担当教員：後藤 了, 槌田 智裕 授業内容：まとめ SBOsコード（薬学部薬学科のみ 2023年度以前カリキュラム適用者対象）
第1回
第2回 第3回 第4回 第5回 第6回 第7回 第8回 第9回 第10回 第11回 第12回 第13回 第14回 第15回 学修事項（薬学部薬学科のみ 2024年度以降カリキュラム適用者対象）
授業担当者の実務経験 Work experience of the instructor of the class
特記事項なし
教育用ソフトウェア Educational software
Discovery Studio, Materials Studio
Materials Studio\nFree Wheel\nGaussian 09\nJMOL\nAMBER
備考 Remarks
薬学教育モデル・コアカリキュラム（平成25年度改訂版）に対応する項目（SBOs）及び薬学教育モデル・コア・カリキュラム（令和4年度改訂版）に対応する項目（学修事項）を授業計画欄下部に示す。
なお、各項目に紐づく内容については、以下URL先に示す。 URL：https://tus.box.com/s/ilc2p0ygiyz4ncj23ckp310rmaa0efdk 授業でのBYOD PCの利用有無 Whether or not students may use BYOD PCs in class
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授業での仮想PCの利用有無 Whether or not students may use a virtual PC in class
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